在常听到的咖啡生豆处理方法中，无论日晒、水洗、蜜处理，发酵都发挥着重要的作用，对咖啡风味有着明显的影响，而且一旦处理不当导致发酵过度会严重影响生豆品质。因此，在生豆处理领域，人们把更多的目光投向发酵。
说起发酵，是一种最基本的处理工艺，对于咖啡也是如此。比如说泡茶、腌制的柠檬、巧克力，发酵是形成风味的关键，但咖啡发酵除了能够形成风味，还可以使咖啡籽从粘稠的黏液（果肉）分离。
直到打胶机的出现，发酵是唯一能将咖啡果肉与种子分离的方法。无论是水洗、日晒还是蜜处理，都需要通过充分发酵进行果肉分离。有些地方会因为昼夜温差大而需要特别长时间的浸泡发酵，或发酵后浸泡（如肯尼亚）。
现代方法：
对于传统水洗和日晒处理工艺，现代技术的进步给一些缺水或气候条件不利于日晒的地区咖啡农带来了福音。比如卢旺达南部Nyanza地区的IWACU水洗站，利用一种叫Penagos的脱壳机，通过高压节水去除咖啡樱桃的羊皮和果胶，使得当地的干旱地区（相对于水资源丰富的西部）依然可以生产出同样优质的咖啡。
