在常听到的咖啡生豆处理方法中，无论日晒、水洗、蜜处理，发酵都发挥着重要的作用，对咖啡风味有着明显的影响，而且一旦处理不当导致发酵过度会严重影响生豆品质。因此，在生豆处理领域，人们把更多的目光投向发酵。

说起发酵，是一种最基本的处理工艺，对于咖啡也是如此。比如说泡茶、腌制的柠檬、巧克力，发酵是形成风味的关键，但咖啡发酵除了能够形成风味，还可以使咖啡籽从粘稠的黏液（果肉）分离。

咖啡中的发酵：

当咖啡成为饮料以来，咖啡农就开始用发酵法处理咖啡樱桃，而在咖农看来这是一种普通的处理工艺，甚至没有做任何的宣传。咖啡农把去除果皮的咖啡生豆放入无水容器发酵、或在水里浸泡，持续几小时或几天。对于日晒处理的咖啡豆，（发酵）即是将咖啡果实放太阳底下脱水。

咖啡农并不会用科学仪器测量发酵微生物，而是利用丰富的经验，通过感官来判断发酵是否完成。原本存在于果肉、空气和发酵桶中的细菌、酵母菌和真菌等微生物将通过发酵过程从不溶性果肉转变为可溶性物质并可被水冲走。