咖啡产国使用大量化学肥和农药，抑制病虫害、增加产量，但这些化学制剂，破坏了土壤天然养分，并渗入地下水甚至污染河川，随着产量扩增，大地受伤愈重。大多数产国均采用化学肥的无机栽培，而且改种不需遮阴，经得起暴晒的品种，譬如卡杜拉、卡杜阿伊和卡帝汶等， 形同鼓励农民砍林取地，对大自然生态的破坏，实在难以估计。

有机咖啡，也可称为“良心咖啡”，强调不用化学肥和农药，改用有机肥料、厨余，火山禽兽粪堆肥，并改用古老的遮阴栽培，这恰好是古老铁比卡与波旁最喜欢的栽种方式。但每公顷产豆量仅有几百公斤，远低于无机栽培的数吨，因此有机咖啡的生产成本较高。

另外，有机需要经过国际机构认证，才有公证力。基本上，愈贫穷落后的产果，农民无力买化学肥和农药，大多采行最天然的有机栽培；但农民无力缴纳认证规费，也因此失去有机认证的背书。

但有机咖啡和无机咖啡哪个好喝？这就不一定了，这涉及后制过程的复杂问题。