水果切开之后，很容易遭受氧化;同理，咖啡在烘焙之后也很容易氧化。咖啡在烘焙直接，内部会产生大量的二氧化碳，这些二氧化碳匿藏在细胞内外，形成保护层，隔绝氧气，减缓氧化;可是，随着时间一天一天的过去，这些二氧化碳会逐渐流失，渐渐失去保护咖啡的功能。
刚开始时，二氧化碳释出的速度很快，几天后才会逐渐慢下来;约10天之后，大约可以释出50%的二氧化碳，60天之后，则会流失约90%，此时，咖啡豆的内部将再也无法流出二氧化碳来保护自己了。
由于二氧化碳具有抗氧化的效果，因此我们常在媒体的一些报道上看到，说喝咖啡可以防止老化。此一说法虽无法证实，但喝咖啡能活化思路的效果，早已被大家所认同。
另外一提的是，咖啡豆经过研磨之后，细胞壁会完全被破坏，此时二氧化碳也会在几分钟之内完全流失，而使得咖啡粉开始遭受无情的氧化。因此，研磨咖啡一定要尽快喝掉!而这也是精选咖啡专卖店只卖咖啡豆儿不买咖啡粉的原因，确实是有道理的。
咖啡豆经过烘焙之后，内部会发生数百种新的化合物，形成香味与口味;这些化合物有些很容易挥发，有些则否。不幸的是，优良物质的沸点很低，这些化合物都很容易挥发。
近来，出现了单向透气阀的包装技术，就能是袋内的二氧化碳流出，而不使氧气流入，因此能保持咖啡的新鲜，被称为“保鲜袋”。它的效果虽然不错，但是挥发所引起的自然衰败，是怎么也抵挡不了的。
水解：好咖啡的第三号杀手
烘焙豆的含水率只有1%以内，而且细胞孔放大，很容易吸潮，甚至还有人将不用的咖啡豆放在冰箱里，当做除味剂。吸潮之后，咖啡豆的内部将发生水解作用。
有机化合物的水解特微，通常是藉由酸或碱来提高化学变化的速率，偏偏咖啡豆内又含有大量的酸性物质与碱性物质(咖啡因即是一种生物碱)，因此，水解作用是必然会发生的。
华南地区的相对湿度平均在76-84之间，山区的湿度更高，咖啡的含水率在短时间内会升高到12%以上，形成不小的负面影响。 光害：好咖啡的第四号杀手
[光线]是催化作用的触媒角色，能提高咖啡氧化的速率，加速咖啡的败坏。在一些先进的国家，可以发现他们的咖啡包装袋都是不透光的，虽然相当了解光的破坏性。然而，在国内经营有商店以透明的塑料袋包装咖啡，甚至有一些高级的咖啡馆里，也常见以透明密封罐盛装咖啡豆的情形，殊不知光线会破坏到咖啡豆的品质。
出油：好咖啡的第五号杀手
在高温烘焙后，咖啡豆内部的油脂会趁机流到细胞孔的出口处，使得表面呈现一层薄薄的油光。脂质是醇味的来源，应相当珍惜它的存在，不过，咖啡豆存放太久之后，油脂容易接触到水分子，会加速氧化作用，造成腐败。
油脂是有黏性的物质，出油太久容易将咖啡粉凝结成块，在冲煮时，会妨碍热水的渗透，造成冲煮不全的现象，而降低咖啡应有粉风味。尤其在冲煮意大利浓缩咖啡时，结块所造成的负面影响更大，它使高压的热水无法穿过咖啡粉，只能从旁边的细缝贯穿而过，造成冲煮不均的情况。
