咖啡果采摘之后，咖啡豆必须尽快从咖啡果中剥离出来，处理的方法一般有以下几种：

水洗法，即咖啡果实变红马上摘下，以机器除去硬果皮，黏稠的浆果曝露出来，再丢进池中发酵，约一两天时间，细菌会吃掉附在种籽上的大部分果肉。整个发酵过程需由老师傅监控，过犹不及，都会破坏咖啡豆的品质。发酵去除浆果完成后，再以清水冲洗附在种籽上的残馀果肉。

接着是干燥过程，最好是铺地上让太阳晒干，风味较佳，但如果遇到下雨也可以机器来烘干，其温度要控制好。干燥后再进行磨光。

一般而言，水洗豆偏蓝绿色，豆相美观，具有清澈明亮的果酸味，瓜地马拉、哥伦比亚、蓝山、可那、肯亚、爪哇和巴拿马咖啡豆均属水洗豆。拉丁美洲除了巴西外皆采用水洗法。

这种处理过程需要较多资金和精力的投入，成本较高，但有助于保证咖啡豆质量，减少损失。

还有一种是半水洗法。第一步和水洗法相同，果实转红就摘下，但不丢进发酵池，改用机器除去果皮，再把浆果铺晒在地上，干燥后再润湿，并以特殊机器磨掉干果肉，取出种籽。印尼的曼特宁大部分采用半水洗法。巴西近年也使用半水洗法，它是全球唯一兼具日晒、水洗及半水洗这三种处理法的产国。

日晒法则是采取红色的果实直接晒干再强制去皮脱壳。此法豆子常有缺损，不美观。日晒豆的豆子常见异物或石头。此法处理后的豆子风味较庞杂，有太阳的味道，果香味特浓，稠度优于水洗法但是豆相不佳。一般的巴西豆还有曼特宁及摩卡就属典型的日晒处理的豆子。