咖啡豆的烘焙对咖啡的风味有着很大的影响。咖啡生豆种经常混有杂质与瑕疵豆，若未经过处理就烘焙饮用，咖啡的味道一定会受到影响。因此，对杂质和瑕疵豆的去除，至关重要。通常人们采用“手选”的方法。
什么是手选？手选是将混在咖啡豆中的杂质与不良豆子去除的步骤。咖啡豆中常会混入异物，例如石头、木片、金属、土粒。使用专门的咖啡机仍然无法将杂质清除干净，最后必须依靠人手进行挑选，也就是手选。
手选会在生豆阶段进行一次，烘焙后阶段进行一次。手选这一步骤对咖啡豆的进一步加工有着重要意义。根据手选的经验，瑕疵豆的比例出乎意料地高，就连优良的咖啡豆中一般也含有20%的瑕疵豆，有的甚至超过40%。若将这些豆子一并烘焙，烘焙出来的可饮用的豆子比率低，这样烘焙效率就低了。其次，烘焙时混入过多的瑕疵豆，咖啡成品会出现颜色斑驳的情况。与正常豆子相比，瑕疵豆氧化的速度要快得多，有时候烘焙会呈现出白色。
要了解手选的重要性，最快的方法就是用杯测只用瑕疵豆烘焙萃取的咖啡液。喝下之后你会发现舌头发麻几个小时。因此，手选是制作出一杯好的咖啡不可或缺的步骤。
手选咖啡豆有以下几个步骤：
- 取适量的生豆放入托盘中，用双手食指与中指将咖啡豆分为五等份
- 将生豆挑选到无瑕疵豆为止
- 不是只盯着豆子的一面看，而是要拿起来看他的颜色和动作，目光从右到左移动。
- 不断重复同样步骤
- 得知挑选出的瑕疵豆的平均值
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