目前有很多关于咖啡的研究，但大多为观察性研究，
虽能用综合分析解决不少统计问题，但所用杯子大小、咖啡豆烘焙方法及冲煮方式皆会影响咖啡因及其他植化物浓度，再者，健康亦会受遗传、年龄、性别、药物和其他环境等因素所影响，因此并不容易了解咖啡的作用，况且，目前还有不少观点仍备受争议，该怎样规律的喝咖啡都是个问题。
无论如何，凡事适可而止绝不会有大错。
和饮酒类似，本来不饮酒的，不要为了健康而开始饮酒，本来不喝咖啡，也用不着开始喝，如果是爱喝咖啡的，也无须完全戒掉。
那么有什么饮用咖啡的健康建议：
- 美国饮食指南建议，每天可喝3至5杯，国人可到2至3杯，切记过犹不及。
- 使用过滤法冲泡咖啡，以减少脂肪摄取。
- 注意钙质的摄取及适度晒太阳，以补充天然维生素D。
- 喝无咖啡因的咖啡也不要过量，因仍不知除咖啡因外，是否有无其他有害成分。
- 阿拉比卡品种咖啡易得病虫害，有时还需要喷洒农药，建议尽可能选择有机栽培的咖啡豆。
- 经氢化过的奶精含有反式脂肪，尽可能不要添加。
- 多方尝试，寻找最适合自己口味、品质优良的咖啡豆。
- 慢慢品尝咖啡，较不会导致胃肠不适。咖啡不适合如解渴般牛饮。
- 疾病与健康受生物心理心灵的影响，所以每个人情况皆不同，对某个人有好处，对另一个人不见得有益，咖啡亦是如此。
- 规律而适度的运动和选择健康的饮食仍是生活中最重要的课题，此两者目前尚无法被取代，适量喝咖啡只是提升健康的另一应对（coping）方式而已。
